Suivre l’évolution du virus de la COVID-19 dans les eaux usées

Publié le 16/06/2020

En quoi consiste le projet de recherche CORONASTEP+ ?

L’apparition de ce nouveau coronavirus SARS-CoV-2 sur le sol luxembourgeois a fait naitre une collaboration inédite des acteurs de la recherche scientifique. Au vu de ses profondes répercussions sur notre société, la communauté scientifique a débuté une véritable course contre la montre pour mieux comprendre ce virus, mais aussi être à même de suivre son évolution dans le temps et l’espace au sein d’une population.

« Ce virus au tropisme respiratoire est différent des autres virus que nous connaissons jusqu’alors, c’est pourquoi nous ne nous attendions pas à une détection possible de ce dernier dans les selles. Dès que nous avons eu connaissance de ce fait, nous nous sommes mobilisés à travers le projet CORONASTEP+ pour pouvoir le détecter et le suivre dans les eaux usées luxembourgeoises. », explique Leslie Ogorzaly.

Complémentaire aux diagnostics cliniques, cette recherche menée par le LIST permet de visualiser où, quand, et en quelle concentration le SARS-CoV-2 est présent au Grand-Duché. « Cela a notamment permis de retracer l’arrivée du virus dans le pays, tout comme de constater que les résultats issus des eaux usées corroboraient avec ceux des tests cliniques. », détaille Leslie. Au-delà d’un suivi dans le temps, ces données sont aussi particulièrement utiles pour, par exemple, identifier un nouveau foyer dans la population en temps quasi réel.

Quelle est la contribution du LIST dans ce projet ?

Coordinateur du projet CORONASTEP+, le LIST travaille en étroite collaboration avec le Luxembourg Institute of Health (LIH), le Laboratoire National de Santé (LNS) ainsi que l’Université de Luxembourg (LCSB). « Nous avons réussi à fédérer l'ensemble des acteurs de la microbiologie au Luxembourg à travers cette recherche. », explique Leslie.

Le LIST bénéficie d’une grande expérience en matière de suivi de la propagation des virus au sein des eaux usées. « Nous avons d’ores et déjà des méthodologies et protocoles adéquats pour la surveillance des virus de gastroentérite par exemple. De plus, nous avons l’opportunité de travailler dans un cadre multidisciplinaire où les domaines de la microbiologie environnementale et de l’hydrologie peuvent se rejoindre pour des applications concrètes telles que le projet CORONASTEP+. », témoigne Leslie.

Dans le cadre de cette recherche, les chercheurs du LIST ont mis à profit leur expertise afin d’établir un protocole et une méthodologie fiables pour la détection du SARS-CoV-2. La concentration du virus étant relativement faible dans l’eau, Leslie et son équipe pratique ce qui s’appelle une phase de concentration avant toute analyse : « Nous traitons un volume d’échantillon relativement grand que nous réduisons afin d’obtenir une concentration en virus suffisante. Cette première étape ouvre la voie à la détection du virus par le biais d’un certain type de PCR (Réaction de Polymérisation en Chaîne) ». Ce procédé permet d’identifier le virus en reconnaissant des séquences spécifiques de son génome, c’est-à-dire de sa carte d’identité génétique.

Quel est votre rôle au sein du projet CORONASTEP+ ?

« En tant que coordinatrice du projet, je suis responsable de sa bonne mise en place et gestion. J’enfile également très régulièrement ma blouse pour rejoindre mon équipe (Cécile Walczak et Delphine Collard) et procéder au traitement ainsi qu’à l’analyse des échantillons récoltés. Mon collègue, Christian Penny, sillonne le pays toutes les semaines pour collecter des échantillons provenant de plus de 10 stations d’épuration. », explique Leslie, avant de préciser que son expertise s’axe « à la fois sur la mise au point de méthodes de détection des particules virales dans l'eau, mais aussi sur la relation entre la contamination virale et le cycle de l'eau ».

A propos de Leslie OGORZALY :

Dr Leslie OGORZALY est Principal Investigator (R&T Associate) dans le groupe de recherche « Environmental Microbiology and Biotechnology » au LIST. Elle est virologiste et titulaire d'un doctorat dans le domaine de l'environnement et de la santé de l'Université de Lorraine (2009). Depuis lors, le Dr Leslie OGORZALY initie et participe à des projets de R&D dans le domaine de la microbiologie de l'eau au LIST. Ses recherches portent principalement sur les méthodes de détection des particules virales dans l'eau, avec un intérêt marqué pour la caractérisation de l'état infectieux des virus. Le Dr Leslie OGORZALY a développé certains des derniers outils technologiques disponibles pour la surveillance des virus dans l'eau, en combinant de nouveaux outils moléculaires (aptamer, détection en temps réel, séquençage de nouvelle génération) avec des approches classiques basées sur la culture. Plus récemment, l'accent a également été mis sur la relation entre la contamination virale et le cycle de l'eau grâce à une étroite collaboration avec les hydrologues